·普通碩士教育與人才需求部分脫節
一位研究學位與研究生教育的專家表示，我國普通碩士最初的定位是培養教學和科研人才。但近幾年來，大多數人已經意識到這種定位應當逐步調整，增加“為社會培養和輸送一定數量的一線崗位的人才”這個目的，這就要求教師要相應地強化業務領域的教學。可是，有些老師仍延續傳統研究生教育的模式，在教學上以理論為主。這造成了普通碩士畢業生在某種程度上說更像是個“半成品”的現狀——既在理論造化上無太多建樹，又在業務技能上沒有太明顯的優勢。這在一定程度上造成了普通碩士教育與社會人才需求相脫節的局面。
據中國青年政治學院副院長、國家職業指導師李家華教授介紹，在英國等發達國家，碩士主要分為兩類：一類是課程碩士，與國內的專業碩士類似，其瞄準的靶心是就業，主要培養學生的專業技能;另一類是研究碩士，瞄準的靶心是研究，這一類與我國的普通碩士類似。
我國的碩士類別劃分與國外相似，但結構差異卻很大。在發達國家，課程碩士的數量是要多于研究碩士的，而這也符合社會的人才需求規律。在社會的人才金字塔上，處于塔尖的，是科研人員，處于基部的技能和管理人才，數量則大得多。但在我國，普通碩士的人數卻遠遠超過專業碩士。以MBA為例，在美國，每年的MBA人數約為13萬人，并以6%的速度增長，占研究生總數的比例接近25%。而2007年我國的MBA招生人數為2.8萬人，僅僅占研究生招生總數的5%。另一方面，美國有900多所商學院，而我國目前能夠招收MBA的院校只有96所，還不到美國的1/9。
·客觀原因導致專業碩士被誤解
李家華教授認為，很多以提升職業技能為目的考生，也拼命往普通碩士方向擠，這其實是對學位價值的不理性追求造成的。
這與我國目前兩種碩士的相關政策有一定關系。如在收費上，不少專業碩士的上學費用遠比普通碩士要高。普通碩士錄取為國家計劃內(非定向、定向)的碩士生，一部分按國家規定享受免學費待遇;錄取為國家計劃外(委托培養、自籌經費)的碩士生須繳納學費，一般為10000元/年(不同專業有所不同)，對于自籌經費生、特困生等考生可通過申請國家助學貸款或者商業貸款緩解學費的壓力。 但是專業碩士的學費少則三四萬元，多則十幾萬，甚至幾十萬元，并且一般不能申請國家助學貸款。另外，在文憑頒發上，大多數專業碩士只授予學位證書，沒有學歷證書。這可能也是導致考生紛紛報考可以拿“雙證”的普通碩士的原因之一。(其實，專業碩士中，工商管理碩士、法律碩士、臨床醫學碩士、建筑學碩士等還是可以同時頒發學位和學歷證書的。大體來看，“統考”生拿“雙證”，“聯考”生拿“單證”。)
此外，一些學校急功近利，開設專業碩士時在錄取和培養環節中沒有把好質量關，導致一些專業碩士的專業水平沒能得到名副其實的鍛煉，這在一定程度上也影響了我國專業碩士的聲譽。
·選擇專業碩士應成主流趨勢
毛東輝主任認為，選擇專業碩士應該成為一種相對主流的趨勢。他認為，大多數人讀研，根本上講來是為了提升自身的職業競爭力，因此應該以技能為導向，以實踐為主。而專業碩士可以更好地滿足這樣的需求。據介紹，清華大學經濟管理學院目前也正在以此為指導，進行戰略調整，普通碩士的招生規模將會被逐步壓縮，而MBA等專業碩士的招生規模則會在一定程度上穩定增長，“專業碩士的發展空間仍然十分廣闊”。
毛主任也談到，當前我國的教育基礎，還不足以支撐起更大規模的專業碩士教育。在師資力量上，很多教授依然是研究型的，與專業碩士的教學要求還有一定的差距。專業碩士前景廣闊，但道路還很長。
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